Nietoperze (Chiroptera), podobnie jak ptaki, mogą zasiedlać różne miejsca w budynku. Mogą to być poddasza, piwnice, dachy czy szpary w elewacjach.
Ich wpływ na budynki jest minimalny, zdecydowanie mniejszy niż innych zwierząt, jak owady, ptaki czy kuny. Obustronnie negatywna będzie obecność nietoperzy na poddaszach z nieocieplonymi dachami, które maja odsłonięte membrany dachowe. Takie folie są często zbrojone. Jeśli nietoperz uczepi się takiej mambrany, to może się zaplatać w owe zbrojenie. Szamocząc się zniszczy membranę, a zarazem może jeszcze bardziej się zaplątać. Efektem może być śmierć lub utrata kończyn. W tym drugim przypadku nietoperz będzie niezdolny do samodzielnej egzystencji.